Amostras de fezes devem ser coletadas imediatamente, quando possível após o começo dos sintomas. Amostras podem ser conservadas entre 2 a 8º C por 3 dias sem interferência com a realização dos testes. Para um longo período de conservação, as amostras devem ser armazenadas a -20ºC ou menos.

Interpretação: O Clostridium difficileé a maior causa de diarréia associada a antibioticoterapia e colitis pseudomembranosas. Ele é agora um dos patógens mais comuns detectados e uma importante causa de infecções nosocomiais. O organismo foi isolado de diversos habitats naturais, incluindo solo, feno, areia, esterco de vários mamíferos (vaca, burro, cavalo), e de cão, gato, roedores e fezes humanas. C. difficile produz no mínimo 3 potenciais fatores virulentos, do qual as Toxinas A e B sao suspeitos de serem os mais importantes da patogenia. A toxina A é uma enterotoxina que parece interferir com as células epiteliais do intestino levando a não funcionalidade enquanto a Toxina B é uma citotoxina que induz a um forte efeito citopático em culturas de tecido. Desque que nem todas nem todos os gêneros de Clostridium difficile produzem toxinas, e aproximadamente 2% de adultos sadios, bem como acima de 50% de crianças acima de 2 anos podem ser colonizadas com Clostridium difficile, a detecção de toxinas (A e B) em amostras de fezes de pacientes com diarréia é mais significante que a cultura dos patógenos.